任何在新生儿重症监护室（NICU）呆过的人都知道那里很紧张。
对于在这些病房照顾的小婴儿来说，任何感染都可能是致命的。虽然采取了非常谨慎的措施来防止病原体的传播，但疫情仍然时有发生。
传统上，在新生儿重症监护病房内检测疫情是反应性的——只有在多个婴儿同时生病之后。
我们的研究正在推进全基因组测序技术的使用，以便及早发现疾病爆发，并在细菌威胁到更多婴儿之前将其消灭。
新生儿重症监护室的疫情监测通常包括监测发病率，并确定可能指向病房内传播病原体的峰值和长期趋势。
当发现潜在的疫情时，可以培养细菌并对其进行回顾性测序，以确定它们是否与病房内的共享源或传播有关。
惠灵顿地区医院已经改变了对新生儿重症监护室感染监测的方法。他们没有等待婴儿生病，而是使用了我们在环境科学与研究所（ESR）开发的相同测序技术，用于在COVID大流行期间追踪基因组接触者。
在该单位的婴儿有诊断拭子样本作为常规做法的一部分。如果从这些样品中培养出任何关键细菌，则立即对其进行测序，以近乎实时地识别可能的传播事件。这使我们能够密切监测局势并迅速应对新出现的疫情。
因为并不是所有携带特定细菌菌株的婴儿都会经历严重感染，这种积极主动的方法可以在任何婴儿生病之前发现疫情。
由于全基因组测序可以解码细菌的整个基因组成，它也为新生儿重症监护室的团队提供了病原体之间如何相互关联的信息。这使他们能够区分输入到单元的一次性病例与其中的任何循环病例。
这种详细程度允许对感染进行精确监测，并就疫情控制作出快速、知情的决定。
这种转变最近得到了验证，主动基因组监测显示新生儿重症监护室的两名婴儿患有由同一种细菌引起的眼部感染，这种细菌是一种罕见的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）。
MRSA因其对普通抗生素的耐药性而臭名昭著，这使得它在医院里特别危险。
现场测序结果显示，这两起病例可能存在关联。首要任务是确定其他婴儿是否受到影响，并尽快限制病原体的传播。对新生儿重症监护室的婴儿进行筛查，发现另外6名婴儿携带同样的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（尽管没有严重疾病）。
这意味着这些婴儿可以被迅速隔离，并在其他婴儿出现严重感染之前控制住疫情。ESR作为基因组接触示踪剂的经验有助于确定这些感染如何在单位内传播。
疫情应对需要资源，涉及从最初确认感染及其传播途径到与家长沟通的多个步骤。
这种积极主动的感染监测方法提供了一个早期预警系统。这意味着新生儿重症监护室的团队可以确信疫情正在爆发，并迅速采取行动控制疫情。
基因组测序的力量超出了立即控制疫情的范围。
通过将实验室产生的基因组数据与国家监测项目收集的数据进行比较，我们的团队能够显示导致眼部感染的菌株可能在20世纪90年代初出现。
这种菌株慢慢地积累了逃避首选抗生素所需的基因，从而增加了新西兰奥特罗阿出现耐抗生素细菌的风险。
当我们发现在新生儿重症监护室引起疾病的MRSA菌株与从牛身上收集的细菌有关时，我们也强调了基因组学揭示联系的力量。这一发现强调了“同一个健康”的概念，即人类健康、动物健康和环境健康是密不可分的。
数据表明，来自牛奶罐的细菌和来自医院婴儿的细菌可能在某种程度上有共同的祖先。
随着我们不断揭开复杂的微生物世界，像全基因组测序这样的工具为对抗传染病的持续战斗带来了希望。惠灵顿地区医院新生儿重症监护室的工作仅仅是个开始。
从保护我们最脆弱的新生儿到发现农场动物和医院病人之间不太可能的联系，基因组技术正在改变我们对抗传染病的方式。
随着这项技术的不断发展，它有望在保护公众健康方面发挥越来越重要的作用，一次一个DNA序列。
面对日益增长的抗生素耐药性和新出现的病原体，这种主动的、基于基因组学的感染控制方法很可能是我们最好的防御手段。
我们要感谢公司马克斯·布卢姆菲尔德和阿瓦努伊实验室的团队，以及牲畜改良公司的艾玛·沃斯和团队的贡献。
